Прошло около 10 лет с завершения предыдущей части «Планеты обезьян». Цезарь (Энди Серкис), ушедший вместе со своими сподвижниками жить в лес рядом с Сан-Франциско, построил там большую колонию обезьян, которые живут в мире между собой и руководствуются правилом «Обезьяна не убивает обезьяну». Для человечества же последние десять лет стали настоящий катастрофой: вирус, случайно разработанный учеными в лаборатории, выкосил почти все население земного шара, огромные мегаполисы вроде Сан-Франциско превратились в джунгли, а люди живут маленькими сообществами без электричества, интернета и телефонной связи. Последней надеждой на связь с другими выжившими людьми для поселения в Сан-Франциско является заброшенная ГЭС, которая находится в том самом лесу, где живут Цезарь и остальные обезьяны. Глава человеческого поселения Дрейфус (Гэри Олдман) считает, что с обезьянами договориться не получится, и планирует объявить им войну, но ярый энтузиаст Малкольм (Джейсон Кларк) верит, что Цезарь пойдет людям навстречу. Предводитель обезьян действительно идет на уступки и позволяет людям починить ГЭС, однако в стане его соратников есть те, кто слишком хорошо помнит все зло, причиненное людьми, и именно они требуют уничтожить человеческое поселение до того, как они наберутся сил, чтобы уничтожить обезьян.
Если первая «Планета обезьян» размышляла о месте человека в окружающем мире и о довольно беспечном поведении современной цивилизации, которая может случайно уничтожить большинство людей на планете, то вторая часть неожиданно становится куда более злободневной — особенно в свете всех мировых конфликтов, о которых мы ежедневно читаем в газетах. В фильме Мэттью Ривза как люди, так и обезьяны — это парализованные страхом существа, которые потеряли контакт со всем остальным миром (тем более, что там почти никого и не осталось) и варятся теперь в собственному соку, выстраивая практически фашистскую идеологию. Обезьяны думают, что они лучше людей и потому с недоверием смотрят на их возню с ГЭС и еще больше начинает ненавидеть людей, когда у них в руках появляется оружие. Люди тоже не собираются доверять обезьянам и готовы пойти на открытое военное противостояние, если обезьяны не дадут им доступа к ГЭС. Все это перерастает в паранойю времен холодной войны или, если на то пошло, истерику современной ленты «Фейсбука». Никто никому не доверяет, а правда уже не имеет никакого значения: главное — свой ты или чужой. И неприятным открытием для всех героев становится то, что нет смысла делиться на своих и чужих, потому что в каждом лагере будут подлецы и мерзавцы, которые в своей паранойе способны разрушить все, что долгие годы создавали их товарищи.